Contigs ประกอบเป็นนั่งร้านได้อย่างไร?

2024 ผู้เขียน: Miles Stephen | [email protected]. แก้ไขล่าสุด: 2023-12-15 23:41

เมื่อสร้างร่างจีโนม การอ่าน DNA แต่ละรายการเป็นอันดับแรก ประกอบเป็นแนวๆ ซึ่งโดยธรรมชาติของพวกเขา การประกอบ มีช่องว่างระหว่างกัน ขั้นตอนต่อไปคือ ถึง แล้วเชื่อมช่องว่างระหว่างสิ่งเหล่านี้ ติดต่อกับ สร้าง นั่งร้าน . ซึ่งสามารถทำได้โดยใช้การทำแผนที่แบบออปติคัลหรือการจัดลำดับคู่คู่

ในทำนองเดียวกัน คุณอาจถามว่า contig และ scaffold คืออะไร?

NS นั่งร้าน คือส่วนหนึ่งของลำดับจีโนมที่สร้างขึ้นใหม่จากโคลนของปืนลูกซองทั้งจีโนมที่มีลำดับสุดท้าย นั่งร้าน ประกอบด้วย contigs และช่องว่าง NS contig คือความยาวต่อเนื่องกันของลำดับจีโนม ซึ่งลำดับของเบสเป็นที่ทราบกันดีอยู่แล้วว่ามีระดับความเชื่อมั่นสูง ในบางกรณี, นั่งร้าน สามารถทับซ้อนกันได้

นอกจากนี้ contigs ในชีวสารสนเทศคืออะไร? NS contig (จากที่อยู่ติดกัน) คือชุดของส่วน DNA ที่ทับซ้อนกันซึ่งรวมกันเป็นตัวแทนของพื้นที่ฉันทามติของ DNA Contigs จึงสามารถอ้างถึงทั้งลำดับดีเอ็นเอที่ทับซ้อนกันและส่วนทางกายภาพที่ทับซ้อนกัน (ชิ้นส่วน) ที่มีอยู่ในโคลนขึ้นอยู่กับบริบท

ในเรื่องนี้ contigs ประกอบอย่างไร?

ชุดของลำดับดีเอ็นเอที่ทับซ้อนกันของชิ้นส่วนดีเอ็นเอเรียกว่า a contig . Contig การทำแผนที่เป็นกระบวนการที่โคลนที่ทับซ้อนกันอยู่ ล้อม เพื่อเรียงลำดับที่ทับซ้อนกัน สิ่งนี้เกี่ยวข้องกับการจัด contigs ตามลำดับและทิศทาง โคลน contigs ได้โดยอัตโนมัติ ล้อม โดยใช้ลำดับ BAC-end

ทำไม contigs ถึงมีความสำคัญ?

Contig การประกอบเป็น สำคัญ ขั้นตอนในการประกอบจีโนม สำหรับการทำแผนที่ โคลนที่ทับซ้อนกันจะถูกรวบรวมตามลำดับที่ทับซ้อนกัน แต่ละส่วนถูกโคลนในเวกเตอร์และจัดลำดับจากปลายทั้งสองเพื่อสร้างลำดับความยาวประมาณ 600–700 bp ลำดับจากปลายทั้งสองของชิ้นส่วนดีเอ็นเอเรียกว่าปลายคู่