คะแนนการจัดตำแหน่งคำนวณอย่างไร

2024 ผู้เขียน: Miles Stephen | [email protected]. แก้ไขล่าสุด: 2023-12-15 23:41

NS คะแนน ของ การจัดตำแหน่ง , NS, คำนวณ เป็นผลรวมของการทดแทนและช่องว่าง คะแนน . การแทน คะแนน กำหนดโดยตารางค้นหา (ดู PAM, BLOSUM) ช่องว่าง คะแนน มักจะ คำนวณ เป็นผลรวมของ G โทษการเปิดช่องว่าง และ L โทษการขยายช่องว่าง สำหรับช่องว่างของความยาว n ต้นทุนของช่องว่างจะเป็น G+Ln

ดังนั้นคะแนนการจัดตำแหน่งคืออะไร?

เหมาะสมที่สุด การจัดตำแหน่ง และ คะแนนการจัดตำแหน่ง เหมาะสมที่สุด การจัดตำแหน่ง เป็น การจัดตำแหน่ง ให้สูงสุด คะแนน , และ คะแนนการจัดตำแหน่ง นี้สูงสุด คะแนน . นั่นคือ คะแนนการจัดตำแหน่ง ของ X และ Y = the คะแนน ของ X และ Y ภายใต้ค่าที่เหมาะสมที่สุด การจัดตำแหน่ง . ตัวอย่างเช่น คะแนนการจัดตำแหน่ง ของ X และ Y ต่อไปนี้คือ 36

นอกจากนี้ การจัดตำแหน่งลำดับทำงานอย่างไร ในชีวสารสนเทศ a การจัดลำดับ เป็นวิธีการจัด ลำดับ ของ DNA, RNA หรือโปรตีนเพื่อระบุบริเวณที่มีความคล้ายคลึงกันซึ่งอาจเป็นผลมาจากความสัมพันธ์เชิงหน้าที่ โครงสร้างหรือวิวัฒนาการระหว่าง ลำดับ.

ในที่นี้ คะแนนชีวสารสนเทศคืออะไร?

ในบริบทของการจัดตำแหน่งลำดับ a คะแนน เป็นค่าตัวเลขที่อธิบายคุณภาพโดยรวมของการจัดตำแหน่ง ตัวเลขที่สูงขึ้นสอดคล้องกับความคล้ายคลึงกันที่สูงขึ้น NS คะแนน ขนาดขึ้นอยู่กับ คะแนน ระบบที่ใช้ (เมทริกซ์ทดแทน, การปรับช่องว่าง)

การจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุดในการจัดตำแหน่งลำดับคืออะไร?

NS การจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุด ของสองโปรตีน ลำดับ คือ การจัดตำแหน่ง ที่เพิ่มผลรวมของคะแนนคู่ให้มากที่สุดโดยหักบทลงโทษสำหรับช่องว่างที่แนะนำ การเขียนโปรแกรมแบบไดนามิกช่วยให้ การจัดตำแหน่งที่เหมาะสมที่สุด สอง ลำดับ อยู่ในลำดับ mnsteps โดยที่ m และ n คือความยาวของ ลำดับ.